Adaptation หรือ Immunization หรือ Spacer acquisition เป็นขั้นตอนแรกที่แบคทีเรียรับเอา DNA แปลกปลอมจากสิ่งมีชีวิตอื่น (foreign DNA) เข้าสู่เซลล์ จากภาพคือ virus DNA และ plasmid DNA ซึ่งมีส่วนสีแดงที่เรียกว่า PAM (Protospacer associated motif) ต่ออยู่กับ spacer ของ DNA นั้นๆซึ่งแสดงด้วยกล่องสีเหลี่ยมแต่ละสี โดย PAM จะเป็นตัวนำ spacer DNA ของ foreign DNA แต่ละอันเข้าไปแทรกอยู่ระหว่าง repeat ภายใน CRISPR array